DOMINIOS DE ENZIMAS

Las siguientes herramientas permiten proponer nucleótidos, amino ácidos, sitios activos o motivos en las secuencias de las enzimas que pueden generar cambios en la actividad o estabilidad enzimática. Que necesitas? Casi siempre requieres tener la secuencia de la proteína (o su respectiva secuencia codificante de nucleótidos) en formato FASTA. 

AlphaFold es un sistema que utiliza inteligencia artificial (AI) que predice una estructura 3D de proteínas a partir de su secuencia de amino ácidos. Parende de las bases de datos de secuencias de amino ácidos y sus respectivas estructuras 3D para poder predecir nuevas estructuras 3D. Es ampliamente utilizada y tiene un buen nivel de predicción. Definitivamente es una de las primeras herramientas que se requieren para comenzar a decidir que parte de la proteína se requiere editar. 

Las siguientes herramientas, en su conjunto permiten reconocer y evaluar sitios activos de enzimas (abajo los links) :

CASTP: Computed Atlas of Surface Topography of proteins

COACH: COACH es un protocol basado en un meta-servidor para predecir sitio de unión proteína-ligando.

COFACTOR: COFACTOR es un método basado en la estructura, secuencia, interacción proteína-proteína para la anotación y función biológica de moléculas proteicas

Active Site Prediction: Este servidor predice las cavidades de una proteína particular